Conforme a assessoria da Defensoria, o pedido à Justiça só foi feito agora, quase três meses após a visita, devido a trâmites burocráticos do processo. As alas consideradas irregulares, conforme a Defensoria, são destinadas aos presos que não podem conviver com os demais, em decorrência de ameaças de morte. Esses detentos, de acordo com o órgão, são, geralmente, os primeiros a serem atacados em motins, como ocorreu em 2014 na unidade. Na ocasião, seis internos foram mortos e sete ficaram feridos.
A ganhar dinheiro por indicação de cadastro & App Review 2024 DPE também informou que pediu à Justiça a proibição de entrada de novos internos no Conjunto Penal de Eunápolis. Em nota enviada à imprensa, o defensor Fábio Fonseca disse que o sistema carcerário brasileiro encontra-se em ""situação sensivelmente trágica"" e que a situação só vem à tona quando ocorrem ""massacres"" como os do Complexo Penitenciário Anísio Jobim, em Manaus, onde 56 presos foram mortos durante uma rebelião, no dia 1º de janeiro. Em nota, a Secretaria de Administração Penitenciária e Ressocialização (Seap) informou que sempre cumpriu e cumprirá qualquer determinação judicial, porém, ainda não houve nenhum posicionamento da Vara de Execuções Penais ou do Tribunal de Justiça da Bahia para que a Seap atenda a solicitação da Defensoria.