A nota do Enem é usada na seleção para vagas em instituições públicas, por meio do Sistema de Seleção Unificada (Sisu), bolsas na educação superior privada por meio do programa Universidade para Todos (ProUni) e vagas gratuitas nos cursos técnicos oferecidos pelo Sistema de Seleção Unificada da Educação Profissional e Tecnológica (Sisutec).
O foco nos favoritos resultado do exame também é requisito para receber o benefício do Fundo de Financiamento Estudantil (Fies) e participar do Programa Ciência sem Fronteiras.