A CIPE – Mata Atlântica foi criada pela Lei Estadual n° 9.002, em 29 de janeiro de 2004, com o nome CAEMA (Companhia de Ações Especiais da Mata Atlântica), nomenclatura alterada no ano de 2009 por questões organizacionais. A CIPE é uma unidade especializada da Polícia Militar da Bahia, que há dez anos atende demandas relevantes de segurança nos 21 municípios do extremo-sul baiano. Apoia as unidades de policiamento ordinário da região, bem como o poder judiciário, estabelecimentos prisionais e a sociedade civil como um todo.
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