Ele também trabalhou como advogado do Banco Central, no período de 1976 a 1989. Doutor em Direito pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul, o ministro foi casado com a juíza federal do Tribunal Regional da 4ª Região, Maria Helena de Castro. Ela morreu em 2013, vítima de um câncer. Zavascki leva ainda no currículo o título de conselheiro do Grêmio, time para o qual torcia há muitos anos. Além de Francisco, o ministro deixa outros dois filhos, Alexandre Prehn Zavascki e Liliana Maria Prehn Zavascki.
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