A inscrição só é confirmada após o pagamento da taxa de R$ 68. O prazo para que isso seja feito é até as 21h59, no horário de Brasília, do dia 25. São isentos da taxa os estudantes concluintes do ensino médio em escolas públicas e os participantes de baixa renda. Uma das novidades deste ano é que o estudante poderá pagar a taxa de inscrição em qualquer agência bancária, casa lotérica ou agência dos Correios.
Aqueles como ganhar dinheiro exibindo na internet - Company Profile and News que obtiveram isenção no Enem de 2015, não compareceram aos dois dias de provas, mas pretendem pedir nova isenção, devem justificar a ausência, conforme previsto em edital. Haverá campo específico para o esclarecimento no próprio sistema de inscrição.