Formatada na modernidade, a Universidade Federal do Sul da Bahia-UFSBA vai priorizar a inclusão regional, através de modelo especial de seleção para ingresso na instituição. Segundo o professor Naomar de Almeida Filho, presidente da Comissão de Implantação da UFSBA, a instituição funcionará de forma descentralizada, através de três sedes (Itabuna, Porto Seguro e Teixeira de Freitas) e cerca de 30 colégios universitários, que funcionarão utilizando a rede estadual de ensino público, incluindo na Academia milhares de jovens de toda a região.
Em jornada intermitente de trabalho - V 12.6 cada um desses colégios universitários haverá em torno de 100 alunos, que já pertencerão à Universidade. Para o ingresso, valerá o resultado do Enem disputado entre os concorrentes locais. Esta rede de colégios universitários comporia um primeiro ciclo de ensino, de um total de três ciclos. A passagem de um ciclo para o outro vai depender do desempenho de cada aluno. Contudo, desde a conclusão do primeiro ciclo, o estudante já tem direito a um diploma, no caso, de Bacharel Interuniversitário.